ハーゴン教団の船に乗っているところから物語は始まります。船には何人かのビルダーズが牢屋に入れられていました。そんな中しのちーは船での作業をさせられるのでした。
ハーゴン教団について
『DQB２』の世界観は、『ドラゴンクエストⅡ 悪霊の神々』をモチーフにしており、ロトの勇者の血を引く3人の子孫たちが大神官ハーゴンと破壊神シドーを倒した後の平和な世界が舞台となっています。しかし、ハーゴン教団の残党は破壊の教えを広め、世界を荒廃させていきました。プレイヤーは、荒廃した世界を修復するビルダーとして活躍し、復興を目指しています。
「ハーゴン」は、ドラゴンクエスト2に登場する破壊神「シドー」を崇める邪教組織であり、本作では現実・幻の世界共に正式名称が付いています。残党が活動し、主人公が教団に拐われたところから物語が始まります。教義は破壊を救済とし、モノ作りを悪とするもので、ビルダーを根絶やしにしようとしています。幹部や各地の島で活動する総督たちが存在し、組織全体として多くの魔物が登場します。教団員は口を揃えつつ、その思想は幹部から末端までてんでバラバラであり、足並みが揃っているとは言い難い状態です。